وتباشر مهامها عن طريق الأقسام التالية:-

 أ‌-    قسم الوقود النــــــــــــووي .

 ب‌-   قسم التنقيـــــــــــــــــــــب . 

ت‌-   قسم إدارة النفايات المشعــة . 

أ‌)     قسم الوقود النووي: 

ويتولى القيام بالمهام التالية: 

 ·   إعداد الدراسات اللازمة عن الوقود النووي وإحتياجات الجماهيرية العظمى منه سواء لتشغيل مفاعلات الأبحاث أو مفاعلات توليد الطاقة الكهربائية.

·    المشاركة في إعداد العقود الخاصة بالوقود النووي التي تتم مع الدول أوالجهات المنتجة أوالمصنعة أو البائعة سواء كانت هذه العقود لغرض الشراء أو البيع.

·    إقتراح إنشاء المرافق اللازمة لتصنيع الوقود النووي وتشغيلها والتحكم فيها.

·    تنفيذ الأبحاث اللازمة لتطوير دراسة الوقود النووي والمواد الداخلة في تصنيعه بالمفاعلات البحثية داخل الجماهيرية.

·    إعداد التقارير اللازمة والدورية عن دورة الوقود النووي بالجماهيرية بالتعاون مع الجهات المستخدمة له وكذلك قسم النفايات المشعة.

·    المشاركة في إعداد تقارير الامان المتعلقة بالوقود النووي في المنشآت التي تتولى المؤسسة الإشراف عليها.

·    تصميم حاويات نقل وتخزين الوقود.

·    مايسند للقسم من أعمال.

ب‌)  قســـــــــــــــــــــــم التنقيب: 

ويتولى القيام بالمهام التالية: 

 -   القيام بأعمال المسح الإشعاعي والمغناطيسي " الجوي والأرضي "  ومراجعة مستندات ووثائق منح التراخيص الخاصة لإجراء المسوحات الجوية.

-    إجراء المسوحات والدراسات للشاذات المكتشفة " دراسات مبدئية – شبه تفصيلية – تفصيلية " 

 -   إجراء الدراسات لتحديد كميات الشاذات المكتشفة التي تشمل :

- أعمال المسح الجيو كيميائي . 

- الدراسات الميكروسكوبية للعينات . 

- إجراء التحاليل بإستخدام الأجهزة المختلفة . 

• - أعمال الحفر الإستكشافي والتقييمي .
• - إجراء الدراسات الإقتصادية وتقييم الخامات المكتشفة .
• - تصميم وفتح المناجم .

- إستخراج الخامات المكتشفة .

- تحويل خامات اليورانيوم المكتشفة إلى عجينة صفراء .

- فصل وتركيز المعادن النووية الأخرى " المعادن الثقيلة " .

- مايسند للقسم من أعمال.

ت‌)  قسم إدارة النفايات المشعة:

ويتولى القيام بالمهام التالية:

 -   إعداد الدراسات لتحديد سبل نقل المواد النووية والمشعة وطرق تخزينها وفق المعايير والضوابط المعمول بها .

-    وضع النظم واعداد الدراسات اللازمة لنقل النفايات والمواد المشعة وفق المعايير والضوابط المعمول بها.

-    وضع التصاميم اللازمة لمدافن النفايات المشعة وفق المعايير والضوابط المعمول بها .

-    وضع آلية للتعامل مع النفايات المشعة .

-    إقتراح ما يلزم من لوائح وتشريعات محلية بخصوص النفايات المشعة وطرق تخزينها وتصريفها ونقلها .

-    تصميم حاويات نقل او تخزين  النفايات المشعة وتحديد سبل نقلها .

-    الإشراف والمتابعة على النفايات المشعة الناتجة عن الإستخدامات المختلفة داخل الجماهيرية .

-    المتابعة والإشراف على الجهات التي تستخدم المواد المشعة ومدى تعاملها مع النفايات المشعة الناتجة عن إستخدامها وفقا للنظم واللوائح المحلية و الدولية بالتنسيق مع مكتب الرقابة النووية .